ภารกิจหลักของโรงเรียนระดับปริญญาเอกคือการจัดให้มีหลักสูตรการศึกษาระดับปริญญาเอกสาขาวิศวกรรมสถาปัตยกรรมที่มีมาตรฐานสูงตามข้อกำหนดของระบบโบโลญญาแก่สถาปนิกชั้นนำที่มีวุฒิปริญญาโทหรือปริญญาโทตลอดจนผู้ที่มีปริญญาโทหรือ ปริญญาโทในสาขาที่เกี่ยวข้องกับสถาปัตยกรรม

คณะสถาปัตยกรรมศาสตร์เปิดสอนหลักสูตรปรัชญาดุษฎีบัณฑิตสาขาวิทยาศาสตร์สถาปัตยกรรมให้กับผู้สมัครที่เตรียมจะทำการวิจัยที่เป็นนวัตกรรมและมีสาระสำคัญซึ่งจะเพิ่มองค์ความรู้ที่ได้รับจากสาขาการออกแบบ

ปรัชญาดุษฎีบัณฑิตสาขาวิศวกรรมสถาปัตยกรรม (ปริญญาเอกสาขาวิศวกรรมสถาปัตยกรรม) เปิดโอกาสให้นักศึกษาได้แสดงนวัตกรรมในด้านการวิจัยทางวิศวกรรมสถาปัตยกรรมที่หลากหลาย ผบ.ทร. ในระดับวิศวกรรมสถาปัตยกรรมมอบให้กับผู้สมัครที่สำเร็จหลักสูตรขั้นสูงคุณสมบัติและข้อกำหนดการวิจัยและการป้องกันวิทยานิพนธ์