คณะวิทยาศาสตร์ก่อตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2463 เป็นคณะที่ 5 ของมหาวิทยาลัยชาร์ลส์ ปัจจุบันมีหน่วยงาน 29 แห่งพิพิธภัณฑ์ 3 แห่งและสวนพฤกษศาสตร์ขนาดใหญ่ซึ่งมีแผนกการศึกษาและสิ่งอำนวยความสะดวกของนักเรียนบางส่วน
คณะวิทยาศาสตร์ในปัจจุบันแบ่งออกเป็น 4 ส่วนคือด้านชีวภาพภูมิศาสตร์และทางเคมี นอกจากนี้คณะเหล่านี้มีศูนย์การเรียนการสอนและศูนย์การวิจัยหลายแห่งรวมถึงสถาบันสหสาขาวิชาชีพเช่นสถาบันการศึกษาด้านสิ่งแวดล้อม ทุกส่วนของคณะทำงานทั้งในด้านการสอนและการวิจัย
ภารกิจหลักของคณะวิทยาศาสตร์คือการสร้างผู้เชี่ยวชาญด้านชีววิทยาเคมีภูมิศาสตร์ธรณีวิทยาและสาขาสหวิทยาการอื่น ๆ ความพยายามทางวิทยาศาสตร์และการวิจัยมีจุดมุ่งหมายเพื่อแก้ปัญหาสำคัญ ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการพัฒนาสังคมมนุษย์ บางส่วนของหัวข้อที่สำคัญในระยะยาวคือสุขภาพของมนุษย์การศึกษาการทำงานและการทำนายการพัฒนาระบบนิเวศและชีวภาพและการพัฒนาวัสดุที่เป็นมิตรกับสิ่งแวดล้อมโดยอาศัยแหล่งทรัพยากรหมุนเวียน
คณะวิทยาศาสตร์มีสามระดับการศึกษาปริญญาตรีปริญญาโทและเอก หลักสูตรปริญญาตรีและปริญญาโททั้งหมดรวมทั้งการสอนตามทฤษฎีและการฝึกปฏิบัติในห้องทดลองและหลักสูตรบางหลักสูตรรวมการศึกษาด้านวิทยาศาสตร์ธรรมชาติกับการฝึกอบรมครูในสาขาที่เลือกไว้ หลักสูตรระดับปริญญาตรีเป็นการแนะนำการศึกษาที่ลึกซึ้งขึ้นในหลักสูตรปริญญาโท หลักสูตรการศึกษาของ Master ได้จัดอบรมให้กับผู้เชี่ยวชาญด้านวิทยาศาสตร์และการวิจัยสถาบันต่างๆภาครัฐภาคอุตสาหกรรมและภาคเอกชน ผู้สำเร็จการศึกษาหลักสูตรปริญญาโทที่มีองค์ประกอบการฝึกอบรมครูมีคุณสมบัติในการสอนในโรงเรียนมัธยมศึกษาและโรงเรียนอาชีวศึกษาระดับมัธยมศึกษา หลักสูตรการศึกษาระดับปริญญาเอกจะจัดฝึกอบรมเจ้าหน้าที่ด้านวิทยาศาสตร์และการวิจัยอย่างเชี่ยวชาญ