หลักสูตรระดับปริญญาเอกที่ CEU เป็นหลักสูตรการศึกษาที่ได้รับทุนเต็มจำนวนโดยมีระยะเวลามาตรฐาน 4 ปีที่มอบวุฒิการศึกษาระดับปริญญาจากสหรัฐอเมริกาและออสเตรีย จุดมุ่งหมายหลักของหลักสูตรปริญญาเอกในการศึกษาโบราณยุคปลาย ยุคกลาง และสมัยใหม่ตอนต้น คือการสนับสนุนการวิจัยในยุคกลางแบบสหวิทยาการ เปิดมุมมองใหม่ และพัฒนาแนวทางใหม่