มีการจัดการที่ดีของสถ​​าบันการศึกษาชั้นสูงทั่วคีร์กีซมี ซึ่งรวมถึงรอบสามสิบเจ็ดมหาวิทยาลัยของรัฐและมหาวิทยาลัยเอกชนที่สิบแปด มหาวิทยาลัยที่โดดเด่นในคีร์กีสถาน ได้แก่ มหาวิทยาลัยเอเชียกลางและคีร์กีซมหาวิทยาลัยแห่งชาติ

ข้อกำหนดสำหรับหลักสูตรปริญญาเอก ส่วนใหญ่ต้องเป็นนักเรียนที่ได้สำเร็จการศึกษาระดับปริญญาโทมาแล้ว นอกจากนี้วิทยานิพนธ์หรือดุษฎีนิพนธ์ ส่วนใหญ่จะประกอบด้วยผลงานวิจัยทางวิชาการที่เป็นต้นฉบับ ในบางประเทศการผลงานวิจัยทางวิชาการนี้ อาจจำเป็นต้องทำการสอบป้องกันหัวข้อวิทยานิพนธ์