อินโดนีเซียนำมาใช้ระบบการศึกษาที่มีคุณภาพสูงซึ่งมีการศึกษาในสามระดับขั้นพื้นฐานที่มีระดับสูงสุดเป็นระดับมหาวิทยาลัย เมื่อเร็ว ๆ นี้ประเทศปรับห้าวิทยาลัยให้อยู่ในระดับมหาวิทยาลัยอย่างเต็มที่กับจุดมุ่งหมายของการรองรับแม้แต่นักศึกษาต่างชาติที่อาจจะศึกษาในอินโดนีเซีย โปรแกรมการศึกษาที่สูงขึ้นในประเทศอินโดนีเซียได้รับการรับรองโดยคณะกรรมการได้รับการรับรองแห่งชาติเพื่อการอุดมศึกษา ประเทศ 's เมืองหลวงคือจาการ์ตา

ข้อกำหนดสำหรับหลักสูตรปริญญาเอก ส่วนใหญ่ต้องเป็นนักเรียนที่ได้สำเร็จการศึกษาระดับปริญญาโทมาแล้ว นอกจากนี้วิทยานิพนธ์หรือดุษฎีนิพนธ์ ส่วนใหญ่จะประกอบด้วยผลงานวิจัยทางวิชาการที่เป็นต้นฉบับ ในบางประเทศการผลงานวิจัยทางวิชาการนี้ อาจจำเป็นต้องทำการสอบป้องกันหัวข้อวิทยานิพนธ์